Bár a parlagi sas magyarországi állománya jelenleg növekszik, de ma is számos veszélyeztető tényező van rá hatással. Amennyire gyors állománynövekedés volt tapasztalható az elmúlt évtizedben, annyira gyors, vagy még gyorsabb állománycsökkenés is bekövetkezhet, ha újra kedvezőtlenné válnak a feltételek a faj számára. Több olyan tényező is ismert, amely ma is negatívan hat az állományra, vagy potenciális veszélyt jelent az állomány további alakulására nézve.

---

1. Élőhelyek elvesztése

Mivel a hazai állomány terjedőben van, erről a tényezőről elsősorban potenciális veszélyként beszélhetünk. A Magyarország Európai Uniós csatlakozását követően várhatóan bekövetkező földhasználati változások nagy területeken károsan befojásolhatják a parlagi sas élőhelyek minőségét (intenzifikáció). A Kárpát-medence mezőgazdasági szempontból Európa legnagyobb mértékben hasznosított területei közé tartozik, és az itt élő parlagi sas populáció által lakott élőhelyek is nagyrészt mezőgazdasági művelés alatt állnak. A faj által előnyben részesített legfontosabb élőhely foltok (fészkelő- és táplálkozó-területek) meghatározó tulajdonságairól az ismereteink hiányosak, azaz egyelőre nem tudjuk egyértelműen, hogy mi alapján választják azokat ki a madarak, illetve, hogy azok egyes tulajdonságai befolyásolják-e pl. a költési sikert vagy a túlélést. Ilyen ismeretek hiányában az élőhelyek megváltozásának várható hatásai a fajra nem határozhatóak meg, így a faj védelmét elősegítő élőhely-kezelési javaslatok sem készíthetőek. A parlagi sas élőhelyi igényeinek ismerete és az azokat figyelembe vevő, megfelelően megalapozott élőhely-kezelés nélkül a territóriumok magterületei rövidtávon alkalmatlanná válhatnak a fészkelésre, táplálkozásra, pihenésre. Ennek a veszélynek a mértékét és következményeit még nem lehet pontosan felmérni, de minden lehetséges módon meg kell próbálni felkészülni rá. A mezőgazdasági módszerek változásával szemben ma is létező probléma az intenzív erdőgazdálkodás okozta fészkelőhely pusztulás, ami a középhegységi pároknál jelent problémát, elsősorban nem védett területeken.

---

2. Elektromos áramütés és lelövés

Valószínűleg a hazai parlagi sas állományban a legjelentősebb arányú pusztulást az elektromos légvezetékek mentén fellépő áramütés okozza. A középfeszültségű (20-45 kV) oszlopokat ülőhelyül választó madarak az áram alatt lévő két kábelt vagy egy kábelt és egy fém oszlopelemet megérintve (rövidzárlat ill. földzárlat) áramütést szenvednek, ami szinte minden esetben azonnali halált okoz. Leginkább fiatal, még tapasztalatlan madarak esnek áldozatul elektromos oszlopokon. Különösen nagy veszélynek vannak kitéve a madarak ködös, nyirkos időben, amikor a tollazat vezetőképessége megnő, és ezzel egyidejűleg a nedves tollazatú madarak nehézkesebben mozognak. A lelövés okozta ismert pusztulás mértéke az elmúlt évtizedekben csökkent, egyedi esetek sajnos azonban még mindig előfordulnak (kifejlett madarak lelövése vagy akár fészekbe lövés). A nagytermetű ragadozómadarak mortalitása a madarak első néhány évében a legnagyobb mértékű (60-90%). Ezt az időszakot a parlagi sasok nagyrészt ismeretlen ideiglenes megtelepedési területeken, illetve a vonulási útvonalakon töltik. Ezeken a ma még pontosan be nem határolt területeken nem ismertek a konkrét veszélyeztető tényezők, így a szükséges védelmi intézkedések sem hajthatók végre.

---

3. Emberi zavarás

A szándékos vagy véletlenszerű emberi zavarás költések meghiúsulásához vezethet. Az egyes költőpárok érzékenysége rendkívül eltérő lehet, de általában elmondható, hogy tojásos vagy kisfiókás korban a zavarás a költésre nézve igen nagy veszélyt jelent. Előfordulhat, hogy a madarak egyszerűen elhagyják a fészket, vagy amíg a szülő madarak nem mernek visszatérni a fészekre, kihűlnek a tojások, megfáznak vagy túlhevülnek a fiókák, esetleg holló vagy varjú töri fel a tojásokat. Szándékos zavarás a fészek túl közeli megfigyelése, vagy az egyszerű emberi kíváncsiságból adódó zavarás (pl. gazdálkodó odamegy a fészekhez). A gyakrabban előforduló nem szándékos zavarás okozói lehetnek erdészeti beavatkozások, mezőgazdasági munkák a fészek közelében, turizmus, szabadidősportok, méhészet, stb.

---

4. Természetes eredetű tényzők

A fiókák (vagy tojások) természetes okok miatti pusztulását legnagyobb részben a viharos széllel párosuló nyári zivatarok okozzák, melyek következtében a nem tökéletes elhelyezkedésű fészkek (pl. fiatalabb akácfa csúcsában) gyakran leesnek, de előfordulhat az is, hogy villámcsapás éri a fészkes fát.